Colistin resistance in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in humans and backyard animals in Ecuador / Resistencia a la colistina de las bacterias Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae en humanos y animales de granja en Ecuador / Resistência à colistina em Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae em humanos e animais de quintal no Equador

ABSTRACT Objective. Colistin is an antibiotic of last resort for treating serious Gram-negative bacterial infections. However, the misuse of colistin, especially as an animal growth promoter, has contributed to increasing antimicrobial resistance, mediated mainly through plasmid transfer of the mcr-1 gene. This study assessed the prevalence of phenotypic and molecular colistin resistance in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Ecuador in healthy humans and their chickens and pigs. Methods. Fecal samples were collected from humans and their chickens and pigs in two rural coastal and Amazon regions between April and August 2020. Gram-negative bacteria were isolated and identified using conventional techniques. Phenotypic resistance was determined using the broth microdilution technique, and the mcr-1 gene was detected using conventional polymerase chain reaction. Results. A total of 438 fecal samples were obtained from 137 humans, 147 pigs and 154 chickens. The prevalence of E. coli isolates was 86.3% (378/438) and K. pneumoniae, 37.4% (164/438). Overall, the mcr-1 gene was found in 90% (340/378) of E. coli isolates, with higher prevalences found in isolates from coastal regions (96.5%, 191/198), humans (95.6%, 111/116) and chickens (91.8%, 123/134); for K. pneumoniae, the gene was found in 19.5% (32/164) of isolates, with equal distribution between regions and hosts. Only four isolates, two E. coli and two K. pneumoniae, showed phenotypic resistance: mcr-1 was present in both E. coli strains but absent in the K. pneumoniae strains. Conclusions. Despite a low prevalence of phenotypic resistance to colistin, the high prevalence of the mcr-1 gene in E. coli is of concern. Ecuador's ban on using colistin in animal husbandry must be enforced, and continual monitoring of the situation should be implemented.

resumen está disponible en el texto completo

RESUMO Objetivo. A colistina é um antibiótico de último recurso para o tratamento de infecções graves por bactérias Gram-negativas. Entretanto, o uso indevido da colistina, principalmente como promotor de crescimento animal, tem contribuído para o aumento da resistência a antimicrobianos, principalmente por transferência horizontal do gene mcr-1 mediada por plasmídeos. Este estudo avaliou a prevalência de resistência fenotípica e molecular à colistina em Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae no Equador em humanos hígidos e em galinhas e porcos por eles criados. Métodos. Entre abril e agosto de 2020, foram coletadas amostras de fezes de habitantes de duas regiões litorâneas e amazônicas do Equador e de galinhas e porcos por eles criados. Bactérias Gram-negativas foram isoladas e identificadas por meio de técnicas convencionais. A resistência fenotípica foi determinada pela técnica de microdiluição em caldo, e o gene mcr-1 foi detectado por reação em cadeia da polimerase convencional. Resultados. Foram obtidas 438 amostras fecais de 137 humanos, 147 suínos e 154 galinhas. A prevalência de isolados de E. coli foi de 86,3% (378/438), e de K. pneumoniae, 37,4% (164/438). Em geral, o gene mcr-1 foi encontrado em 90% (340/378) dos isolados de E. coli, com maiores prevalências encontradas em isolados de regiões litorâneas (96,5%, 191/198), humanos (95,6%, 111/116) e galinhas (91,8%, 123/134); para K. pneumoniae, o gene foi encontrado em 19,5% (32/164) dos isolados, com igual distribuição entre regiões e hospedeiros. Somente quatro isolados, dois de E. coli e dois de K. pneumoniae, demonstraram resistência fenotípica: o gene mcr-1 estava presente em ambas as cepas de E. coli, mas ausente nas de K. pneumoniae. Conclusões. Apesar da baixa prevalência de resistência fenotípica à colistina, a alta prevalência do gene mcr-1 em E. coli é preocupante. É preciso fiscalizar a proibição ao uso agropecuário de colistina no Equador e implementar o monitoramento contínuo da situação.

Infección por virus HTLV-1/2 confirmada por serología y detección de provirus en pacientes ecuatorianos de paraparesis espástica tropical / HTLV-1/2 virus infection confirmed by serology and provirus DNA detection in tropical spastic paraparesis Ecuadorian patients

Introduccion: La infección con el virus linfotrópico de células T humano (HTLV) de tipo 1 y 2 es endémica en América del Sur. Existen muy pocos reportes clínicos de este retrovirus en pacientes de Ecuador y nunca confirmaron la presencia del virus con el aislamiento o la detección de su ADN. Esta infección se encuentra desatendida por las autoridades de salud pública, sin que existan estudios epidemiológicos de prevalencia a nivel del país. Objetivos: Este estudio tiene como objetivo la detección de infección por HTLV -1/2 en individuos sintomáticos de paraparesis espástica tropical (TSP) utilizando por primera vez en Ecuador diagnóstico serológico y la detección del provirus por biología molecular. Diseño del estudio. Se tomaron muestras de nueve pacientes con un diagnóstico de mielopatía y sospechoso de TSP, que fueron analizadas para la detección del virus HTLV-1/2 usando tres metodologías: ELISA comercial, ensayo de inmunofluorescencia indirecta (IF) y PCR anidada. Resultados: Cinco de los 9 (55.5%) pacientes fueron positivos tanto para la prueba de ELISA como para IF y PCR anidada. Conclusión: La alta prevalencia de infección por HTLV-1/2 entre individuos sintomáticos de mielopatía muestra la endemicidad de este retrovirus en Ecuador, la asociación de HTLV-1/2 con TSP y la necesidad de implementar estrategias de control y prevención para evitar la diseminación de esta enfermedad infecciosa desatendida.

Background: Infection with the Human T-cell lymphotropic virus (HTLV) type 1 and 2 is endemic in South America. There are only a few clinical reports of this retrovirus in patients in Ecuador, without employing virus-isolation methods or viral DNA detection. The infection is usually neglected in health care settings and by public health authorities and no country wide prevalence data are available. Objectives: This study aims to detect the HTLV-1/2 infection in symptomatic individuals for tropical spastic paraparesis (TSP) using for the first time in Ecuador both immunological and molecular biology methodologies. Study Design: Blood samples of 9 symptomatic individuals with myelopathy were analyzed for the detection of the HTLV-1/2 virus with three methods: ELISA, an indirect immunofluorescence (IF) assay and a nested-PCR. Results: Five out of 9 (55.5%) myelopathy patients were positive for ELISA, IF and nested- HTLV-1/2 PCR. Conclusion. The high prevalence of HTLV-1/2 infection among myelopathy patients shows the endemicity of this retrovirus in Ecuador, the association of HTLV-1/2 infection with TSP and the need of the implementation of control and prevention interventions to overcome the further dissemination of this neglected infectious disease.

Newly sequenced genomes of four Bacillus Calmette Guerin vaccines

Bacillus Calmette Guerin (BCG) vaccines comprise a family of related strains. Whole genome sequencing has allowed the better characterisation of the differences between many of the BCG vaccines. As sequencing technologies improve, updating of publicly available sequence data becomes common practice. We hereby announce the draft genome of four commonly used BCG vaccines in Brazil, Argentina and Venezuela.

Comparación y evaluación de métodos cuantitativos para determinar la susceptibilidad antimicrobiana de cepas del complejo Mycobacterium abscessus / Comparison and Evaluation of Quantitative Methods for Determining Antimicrobial Susceptibility of Complex Mycobacterium Abscessus Strains / Comparação e avaliação de métodos quantitativos para determinar a susceptibilidade antimicrobiana de cepas do complexo Mycobacterium abscessos

Resumen Introducción: el complejo Mycobacterium abscessus incluye especies patógenas emergentes multirresistentes, lo cual limita las opciones terapéuticas para tratar las infecciones causadas por dichos microorganismos. En este estudio se compararon las concentraciones inhibitorias mínimas (CIM) obtenidas mediante dos métodos cuantitativos, se establecieron los puntos de corte empleados en el micrométodo colorimétrico (MMC) y se evaluó la susceptibilidad antimicrobiana. Materiales y métodos: la CIM de nueve antibióticos fue determinada mediante el MMC y la microdilución en caldo (MDC) para 19 cepas del complejo M. abscessus. El test F de Snedecor se utilizó para establecer la diferencia significativa de las CIM entre los dos métodos y se determinaron los puntos de corte mediante la técnica de distribución de la probabilidad para el MMC. Resultados: se encontró una correlación de los resultados de la CIM del 50% entre MMC y MDC para los antibióticos ensayados. Probablemente esta discrepancia en los resultados se deba a diferencias en algunos parámetros técnicos de cada procedimiento. Todas las cepas fueron sensibles a la amikacina y resistentes a meropenem y ampicilina-sulbactam. Independientemente de la especie del complejo M. abscessus, las fluoroquinolonas mostraron una baja actividad inhibitoria (0-25%) sobre los aislados clínicos, resultados que son similares a los reportados por otros autores. Conclusión: Los patrones de multirresistencia observados en las cepas analizadas sugieren la necesidad de utilizar las pruebas de susceptibilidad como herramientas que permitan orientar y optimizar las conductas terapéuticas en infecciones producidas por M. abscessus.

Abstract Introduction: The Mycobacterium abscessus complex includes multidrug resistant emerging pathogens, which limit therapeutic options for treating infections caused by these microorganisms. In this study, the minimum inhibitory concentrations (MICS) obtained by 2 quantitative methods were compared, the cut-off points used in the colorimetric micromethod (CMM) were established and the antimicrobial susceptibility was evaluated. Materials and Methods: The MIC for nine antibiotics was determined by CMM and broth microdilution (BMD) for 19 strains of M. abscessus complex. The Snedecor F test was used to establish the significant difference in the CIM between the methods, cutoff points were determined by the probability distribution method for the CMM. Discussion: A correlation of 50% between CMM and BMD for antibiotics tested was found. Probably, this discrepancy in the results is due to differences in some technical parameters of each procedure. All strains were susceptible to amikacin and were resistant to meropenem and ampicillin-sulbactam. Independently of the species of M. abscessus complex, fluoroquinolones showed a low inhibitory activity (0-25%) on clinical isolates, results that are similar to those reported by other authors. Conclussion: The Multidrug resistance patterns observed in the strains tested suggest the need for susceptibility testing as tools to guide and optimize the therapeutic behavior in infections caused by M. abscessus.

Resumo Introdução: o complexo Mycobacterium abscessus inclui espécies patógenas emergentes multirresistentes, o qual limita as opções terapêuticas para tratar as infeções causadas por estes microrganismos. Neste estudo compararam-se as concentrações inibitórias mínimas (CIMS) obtidas mediante 2 métodos quantitativos, se estabeleceram os pontos de corte empregados no micrométodo colorimétrico (MMC) e se avaliou a susceptibilidade antimicrobiana. Materiais e métodos: a CIM de 9 antibióticos foi determinada mediante o MMC e microdiluição em caldo (MDC) para 19 cepas do complexo M. abscessus. O teste F de Snedecor utilizou-se para estabelecer a diferença significativa das CIMS entre os dois métodos e determinaram-se os pontos de corte mediante a técnica de distribuição da probabilidade para o MMC. Resultados: se encontrou uma correlação dos resultados da CIM do 50% entre MMC e MDC para os antibióticos testados. Provavelmente, esta discrepância nos resultados se deve a diferenças em alguns parâmetros técnicos de cada procedimento. Todas as cepas foram sensíveis à amikacina e resistentes a meropenem e ampicilina-sulbactam. Independentemente da espécie do complexo M. abscessos, as fluoroquinolonas mostraram uma baixa atividade inibitória (0-25%) sobre os isolados clínicos, resultados que são similares aos reportados por outros autores. Conclussão: Os patrões de multirresistência observados nas cepas analisadas, sugerem a necessidade de utilizar as provas de susceptibilidade como ferramentas que permitam orientar e otimizar as condutas terapêuticas em infeções produzidas por M. abscessus.

Factores de riesgo para infección por VIH en indígenas de la etnia warao del Municipio Antonio Díaz, Estado Delta Amacuro, Venezuela. Octubre ­ diciembre 2015

Delta Amacuro asienta la mayor población indígena de la etnia Warao en comunidades de difícil acceso y limitadas condiciones de vida. En 2007, la Cruz Roja venezolana diagnosticó los primeros casos de infección por VIH en este estado; posteriormente, diversas publicaciones han reportado que la prevalencia de infección por VIH en comunidades de la etnia Warao es 10 veces mayor a la prevalencia mundial. El objetivo de la investigación fue evaluar factores de riesgo para infección por VIH en indígenas del municipio Antonio Díaz, Estado Delta Amacuro durante octubre ­ diciembre 2015. Los factores de riesgo fueron agrupados en: características socioeconómicas, estatus migratorio, hábitos psicobiológicos y conocimiento sobre la enfermedad. Se realizó un estudio analítico de tipo casos y controles. Se evaluaron 50 pacientes VIH positivo de 7 comunidades y 100 controles del mismo sexo, comunidad y edad. A todos se les realizó una entrevista directa. Se compararon los resultados utilizando pruebas Chi cuadrado y se determinaron los Odds Ratio. La inestabilidad en la pareja sexual, las prácticas de hombres que tienen sexo con hombres, las relaciones sexuales fortuitas y durante viajes, el inicio precoz de relaciones sexuales, el sexo oral, sexo anal y el no uso de métodos de barrera constituyeron factores de riesgo para infección por VIH en la población estudiada. El desconocimiento de la forma de trasmisión y prevención resultaron también estadísticamente significativos. La falta de conocimiento, movimientos migratorios frecuentes y las prácticas sexuales de riesgo pueden explicar la elevada prevalencia de infección por VIH en esta población.

In Delta Amacuro state is established the biggest Amerindian community belonging to the Warao ethnic. This people live in difficult access communities with precarious life conditions. In 2007 the Venezuelan Red Cross diagnosed the first HIV infection cases in the state. Later, many publications have reported HIV prevalence in Waraos communities ten times higher than worldwide prevalence. The main objective was to evaluate risk factors for HIV infection in Waraos Amerindians who live in Antonio Diaz municipality, Delta Amacuro state between October and December 2015. Risk factors were grouped in: socioeconomic conditions, migratory status, sexual and psychobiologic habits and disease knowledge. An analytic case-control study was conducted. Fifty HIV patients from seven communities and 100 controls were evaluated. The information from cases and controls was collected through a direct interview. The results were compared using chi square test, odds ratios were calculated. No stability in sexual partners, men who have sex with other men, casual sex, sex during trips, early sexual initiation, oral sex and anal sex and lacking in use of barrier contraceptive methods were risk factors for HIV infection in the study group. Lack of knowledge about transmission and prevention of the disease were also statistically significant risk factors. Lack of knowledge, frequent migratory movements and risk sexual behavior may explain the high prevalence of HIV infection in this population.

Evaluación del poder discriminatorio de técnicas de epidemiología molecular en aislados Venezolanos de Mycobacterium tuberculosis / Evaluation of discriminatory power of molecular epidemiology techniques in Mycobacterium tuberculosis Venezuelan isolates

La técnica de espoligotipaje y el método de unidades repetitivas micobacterianas interdiseminadas y número variable de repetidos tándem (MIRU-VNTR) 24 loci se emplean para estudiar la epidemiología molecular de tuberculosis. En el presente trabajo evaluamos la discriminación del método MIRU-VNTR 24 loci solo y en asociación con espoligotipaje en aislados clínicos de M. tuberculosis en Venezuela, la diversidad alélica de los 24 loci, y el poder discriminativo para la combinación de 24 y 15 loci, 12 loci tradicionales (12t), aquellos con más alta diversidad alélica y una nueva combinación que denominamos 12 inv. Se estudiaron 104 cepas de diferentes linajes y 431 cepas de la familia Latin-America y Mediterráneos (LAM). Los loci 4052, 2163b, 424 y 2996 presentaron la más alta diversidad alélica. Las tasas de agrupamiento de MIRU-VNTR 24 loci, espoligotipaje y MIRU-VNTR combinado con espoligotipaje para 104 aislados fueron de 18,27%, 71,15% y 14,4%, respectivamente, mientras que para cepas LAM fue de 43,2%, 95,8% y 37,4%. Las combinaciones de 15, 12inv y 4 loci MIRU-VNTR mas discriminativos, fueron más discriminatorios que 12t. Las tasas de agrupamiento para 15 y 12inv MIRU VNTR acoplados a espoligotipaje en los 104 aislados fueron de 21% y 23%, mientras que para cepas LAM fue de 52% y 46% respectivamente. El número de patrones diferentes fue similar para 12inv y 15 loci. Se propone el uso de un número reducido de loci MIRU-VNTR informativos acoplado a espoligotipaje para estudios de la transmisión de la tuberculosis en Venezuela.

The techniques of spoligotyping and mycobacterial interspersed repetitive unit and variable-number tandem repeat typing with 24 loci (MIRU-VNTR-24), have been used to study the molecular epidemiology of tuberculosis. The aim of this study was: to evaluate the discriminative power of MIRU-VNTR 24 loci alone and in association with spoligotyping in clinical isolates of M. tuberculosis in Venezuela; the allelic diversity of the 24 loci; and the discriminative power for the combination of 24 and 15 loci, 12 traditional loci (12t), those with higher allelic diversity and a new combination named 12inv. We analyzed one set of 104 strains of different lineages and a second set of 431 strains belonging to the Latin-America and Mediterranean lineage (LAM) that is predominant in Venezuela. The determination of allelic diversity showed that 4052, 2163b, 424 y 2996 are highly discriminative. Clustering rates of MIRU-VNTR 24 loci, spoligotyping and MIRU-VNTR combined with spoligotyping for 104 isolates were 18.27%, 71.15% and 14.4%, respectively, whereas with the 431 LAM strains the values were 43.2 %, 95.8% and 37.4%. MIRU-VNTR combinations of 15, 12inv and 4 loci were more discriminatory than 12t. Clustering rates for MIRU-VNTR 15 and 12inv loci coupled with spoligotyping in the 104 isolated was 21% and 23%, while for LAM strains was 52% and 46% respectively. The number of different genetics patterns for 15 and 12inv loci were similar. In conclusion, we propose the use of a small number of informative loci MIRU-VNTR coupled to spoligotyping to investigate the transmission of tuberculosis in Venezuela.

Mecanismos de resistencia en micobacterias de crecimiento rápido / Resistance mechanisms of rapid growing mycobacteria

Las Micobacterias de crecimiento rápido (MCR) son patógenos oportunistas capaces de ocasionar infecciones en piel, pulmonares y diseminadas. En Venezuela existe un incremento de estas infecciones derivadas de procedimientos invasivos, entre ellas cirugías estéticas. El tratamiento de esas infecciones requiere la administración de al menos dos antibióticos por varios meses. En la presente revisión se describe los mecanismos de resistencia a los antibióticos que se han reportado en las MCR, principalmente las tres especies que frecuentemente se han asociado a infecciones en piel: M. abscessus, M. chelonae y M. fortuitum. Los factores más importantes relacionados a la resistencia en los esquemas de tratamiento son: cambios relacionados en la permeabilidad de la membrana al antibiótico, la inactivación enzimática y modificaciones del sitio blanco. En MCR se han evidenciado la presencia de betalactamasas con actividad penicilinasas y cefalosporinasas y de acetil-transferasas que pueden modificar los aminoglicósidos. Las modificaciones de las regiones ARNr 23S y ARNr 16S han permitido explicar, en parte, la resistencia a macrólidos y aminoglicósidos. La metilación de los sitios blanco de acción de los macrólidos es otro factor importante, sobre todo en especies como M. abscessus. Éste último mecanismo explica la falla terapéutica que se ha reportado en pacientes tanto en infecciones pulmonares como en infecciones en piel. Es necesario ampliar el estudio sobre los mecanismos de resistencia en estas especies, tomando en consideración las complicaciones que llevan estas infecciones y los tiempos prolongados de tratamientos pudiendo generar efectos secundarios en los pacientes y la frustración cuando ocurre la falla terapéutica.

The rapid growing mycobacteria (RGM) are opportunist pathogens able to cause skin, pulmonary and disseminated infections. In Venezuela there is an increase in the prevalence of these infections especially following esthetic surgery. The treatment of such infections is cumbersome requiring the administration of at least two antibiotics for several months. In the present review we describe the principal antibiotic resistance mechanisms reported for RGM, particular for the species most frequently associated with skin and soft tissue infection: M. abscessus, M. chelonae and M. fortuitum. The most important factors associated with resistance to antibiotics are impermeability of the cell membrane, enzymatic inactivation and changes in the target site. In RGM the presence of the beta-lactamases with penicillinases and cephalosporinase activity has been demonstrated and the presence of acetyl-transferases which can modify aminoglycosides. Changes in the 23S rRNA and 16S rRNA regions has allowed to explain, partly macrolide and aminoglycoside resistance. Mutation in the macrolide target site is another important resistance mechanism, particularly for the species group M. abscessus. This last mechanism can explain treatment failure reported in the patients with pulmonary or skin infection. We conclude that there is a need for more extensive studies about the mechanisms of antibiotic resistance of RGM; taking into account the complications of these infections, the prolonged treatment long time, producing secondary effects and the frustrations of patient and physician caused by therapeutic failures.

Mycobacterium tuberculosis population structure and molecular epidemiological analysis in Sucre municipality, Miranda state, Venezuela / Estructura poblacional y análisis epidemiológico molecular de Mycobacterium tuberculosis en el municipio Sucre, estado Miranda, Venezuela

Sucre municipality is a large, densely populated marginal area in the eastern part of Caracas, Venezuela that consistently has more cases of tuberculosis than other municipalities in the country. To identify the neighborhoods in the municipality with the highest prevalence of tuberculosis, and determine whether the Mycobacterium tuberculosis strain distribution in this municipality is different from that previously found in the western part of Caracas and the rest of Venezuela, we collected data on all tuberculosis cases in the municipality diagnosed in 2005-6. We performed two separate molecular epidemiological studies, spoligotyping 44 strains in a first study, and spoligotyping 131 strains, followed by MIRU-VNTR 15 on 21 clustered isolates in the second. With spoligotyping, the most common patterns were Shared International Type SIT17 (21%); SIT42 (15%); SIT93 (11%); SIT20 (7%); SIT53 (6%), a distribution similar to other parts of Venezuela, except that SIT42 and SIT20 were more common. MIRU-VNTR 15 showed that six of seven SIT17 strains examined belonged to a large cluster previously found circulating in Venezuela, but all of the SIT42 strains were related to a cluster centered in the neighborhoods of Unión and Maca, with a MIRU-VNTR pattern not previously seen in Venezuela. It appears that a large percentage of the tuberculosis in the Sucre municipality is caused by the active transmission of two strain families centered within distinct neighborhoods, one reflecting communication with the rest of the country, and the other suggesting the insular, isolated nature of some sectors.

El municipio Sucre es un área densamente poblada del este de Caracas, Venezuela, con más casos de tuberculosis que otros municipios del país. Para establecer las áreas en el municipio Sucre con la mas alta prevalencia de tuberculosis y determinar sí la distribución de cepas de Mycobacterium tuberculosis es diferente de las encontradas previamente en el Oeste de Caracas y el resto de Venezuela, se recolectaron los datos de todos los casos diagnosticados de tuberculosis en el municipio en el 2005-6. Además, se aplicaron dos estudios de epidemiología molecular, el primero con 44 aislados en 2006 y el segundo con 131 aislados del 2006 al 2011, todos caracterizados por spoligotyping. Fue aplicada la técnica MIRU VNTR15 sobre 21 aislados agrupados. Con spoligotyping, los patrones encontrados fueron SIT17 (21%); SIT42 (15%); SIT93 (11%); SIT20 (7%); SIT53 (6%), presentando una distribución similar en otras partes de Venezuela, con la diferencia de que el SIT42 y el SIT20 fueron comunes en el municipio. MIRU VNTR15 mostró que seis de las siete cepas SIT17 pertenecían a un gran grupo encontrado previamente en Venezuela, mientras las cepas SIT42, estaban relacionados a un grupo concentrado en los Barrios Unión y Maca, con un patrón MIRU VNTR no visto previamente en Venezuela. Los resultados indicarían que un gran porcentaje de tuberculosis en el municipio Sucre es causada por transmisión activa de dos familias, una reflejando comunicación con el resto del país, y otra sugiriendo que es un aislado propio de algunos Barrios del municipio.

Estudio de la susceptibilidad a los antibióticos de aislados clínicos de Mycobacterium abscessus: Reporte preliminar / Study of antibiotic susceptibility of Mycobacterium abscessus clinical isolates: Preliminary report

Mycobacterium abscessus posee una elevada resistencia a los antibióticos, lo cual limita las opciones terapéuticas para tratar las infecciones causadas por este microorganismo. En este estudio se determinó la susceptibilidad antimicrobiana de 26 cepas de M. abscessus de origen clínico frente a 14 antibióticos, mediante el método de microdilución en caldo (MDC) de acuerdo al procedimiento descrito por el CLSI (2011). Todas las cepas fueron sensibles a la amikacina, seguidas de claritromicina (62%) e imipenem (46%), mientras que el porcentaje de sensibilidad a ciprofloxacina, ampicilina/sulbactam, meropenem, ceftriaxona, amoxacilina y doxiciclina osciló entre 0 y 8%. Nueve diferentes patrones de resistencia fueron observados, representados por la asociación de 4 a 12 antibióticos. La combinación de 8 y 10 marcadores de resistencia constituyeron los patrones más frecuentes (28% cada uno). La amikacina fue el antibiótico con mayor actividad inhibitoria frente a las cepas estudiadas (0,5 - 16 µg/mL). Los patrones de resistencia observados sugieren la necesidad de utilizar las pruebas de susceptibilidad como herramientas que permitan orientar y optimizar las conductas terapéuticas en infecciones producidas por M. abscessus.

Mycobacterium abscessus has a high antibiotic resistance, which limits therapeutic options for treating infections produced by this microorganism. In this study we determined the antimicrobial susceptibility of 26 M. abscessus strain of clinical origin towards 14 antibiotics through the broth microdilution method (BMD) according to the procedure described by the CLSI (2011). All the strains were sensitive to amikacine, followed by clarithromycin (62%), and imipenem (46%), while the percentage sensitivity to ciprofloxacin, ampicillin/sulbactam, meropenem, ceftriaxone, amoxicycillin, and doxicycline varied between 0 and 8%. Nine different resistant patterns were observed, represented by the association of 4 to 12 antibiotics. The combination of 8 and 10 resistance markers constituted the most frequent patterns (28% each). Amikacin was the antibiotic with the highest inhibitory activity towards all the strains studied (0.5 - 16 µg/mL). The resistance patterns observed indicate the need of using susceptibility tests as tools that allow to guide and optimize the therapeutic approach to M. abscessus produced infections.

Caracterización molecular de Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos provenientes de cuatro hospitales de Venezuela / Molecular characterization of carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa from four hospitals of Venezuela

We analyzed 17 strains of Pseudomonas aeruginosa resistant to carbapenems isolated in four hospitals in eastern and southern Venezuela collected between 2007 and 2010. Combined disk method showed production of metallo־β־lactamases (MBLs) in all strains. PCR and sequencing of genes encoding IMP, VIM and SPM metallo־β־lactamase families confirmed the presence of VIM-2 MMBL in all strains. Pulsed field gel electrophoresis classified the strains into three similarity groups. The largest group, group A included 13 strains with over 83% similarity between them and was found in four hospitals. Two strains of Cumana hospital formed the group B and other two the Group C with similitary of 73% and 65% respectively with Group A. These results confirmed that hospitals in eastern and southern Venezuela, circulating strains of P. aeruginosa producing VIM-2 type MBLs with a common clonal origin. On the other hand, carbapenem-resistant P. aeruginosa circulating in Cumana city hospital had polyclonal origin.

Se analizaron 17 cepas de Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos aisladas en cuatro hospitales del oriente y sur de Venezuela colectadas entre los años 2007 y 2010. En todas las cepas se demostró la producción de metalo-β-lactamasas (MBLs) por el método de discos combinados. Mediante la amplificación por la reacción de polimerasa en cadena (RPC) de los genes que codifican para las metalo-β-lactamasas de las familias IMP, VIM y SPM, y su posterior secuenciación, se confirmó la presencia de MBLs de tipo VIM-2 en todas las cepas. Mediante la electroforesis de campos pulsantes (ECP), las cepas se clasificaron en tres grupos de similaridad. El grupo dominante (A) estuvo constituido por 13 cepas provenientes de los cuatro hospitales, con similaridad superior al 83% entre ellas. Dos cepas del hospital de Cumaná conformaron el Grupo B y otras dos el Grupo C con similaridad de 73 y 65%, respectivamente, con el Grupo A. Estos resultados confirmaron que en los hospitales del oriente y sur de Venezuela, circulan cepas de P. aeruginosa productoras de MBLs de tipo VIM-2, con un origen clonal común. Asimismo, en el hospital de Cumaná circulan cepas de origen policlonal.

Rhodococcus equi en paciente VIH/sida: primera detección molecular en Cuba / First molecular detection of Rhodococcus equi in a HIV/aids patient in Cuba

Introducción: Rhodococcus equi es reconocido como un patógeno emergente que causa importante morbilidad y mortalidad entre los pacientes inmunocomprometidos. Objetivo: confirmar la presencia de R. equi en líquido pleural mediante la técnica del polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción. Métodos: se empleó muestra de líquido pleural de un paciente sida con síntomas respiratorios. Se realizaron cultivos microbiológicos, pruebas de tinción, fenotípicas, bioquímicas y la técnica del polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción para el diagnóstico del microorganismo. Resultados: las técnicas de tinción, fenotípicas y bioquímicas brindaron un diagnóstico sugestivo de infección por R. equi, el cual fue confirmado por las técnicas moleculares utilizadas. Conclusiones: este trabajo reporta la detección molecular, por primera vez en Cuba, de R. equi en paciente VIH/sida. Los resultados obtenidos permiten sugerir que técnicas de biología molecular pueden ser aplicadas en el diagnóstico y la identificación de R. equi.

Introduction: Rhodococcus equi is recognized as an emerging pathogen that causes important morbidity and mortality among immunocompromised patients. Objective: to confirm the presence of R. equi in pleural fluid through the restriction fragment length polymorphism technique. Methods: the pleural fluid sample from one AIDS patient with respiratory symptoms was used. Microbiologic culture, staining tests, phenotypic and biochemical tests and restriction fragment length polymorphism technique for the diagnosis of microorganism were performed. Results: the staining technique along with the phenotypic and biochemical tests provided the presumptive diagnosis of R. equi infection, which was further confirmed by the molecular techniques. Conclusions: this paper reported the molecular detection of R. equi from one HIV/aids patient for the first time in Cuba. The results suggested that the molecular biology techniques could be used in the diagnosis and identification of R. equi.

Diagnostic accuracy of immunological methods in patients with tuberculous pleural effusion from Venezuela / Precisión diagnóstica de métodos inmunológicos en pacientes con tuberculosis pleural de Venezuela

In recent years, better diagnostics for tuberculosis (TB) has received increasing attention, especially the diagnosis of tuberculous pleural effusion, which is difficult and at present the main tool in TPE diagnostic is pleural effusion smear and culture, but unfortunately, sensitivities are low, therefore better TPE diagnostic tools are needed. The aim of this study was to find a diagnostic algorithm to assess the progress in TPE diagnostic at the Hospital Vargas de Caracas, that permits identification of the majority of patients, at a satisfactory cost-benefit ratio, evaluating the levels of IFN-g and IL-12p40 in pleural effusion and serum, as well as the antibody reactivity in order to compare it with microbiological tests. A total of 60 individuals with pleural effusion were studied; 20 patients with tuberculous pleural effusion (TPE) formed the patient group and 40 patients with non-tuberculous pleural effusion (NTPE) formed the control group. The levels of IFN-g and IL-12p40 in effusion and serum and class and subclasses of IgG reactivity to Mycobacterium tuberculosis antigens were measured by ELISA. The utility of these methods for diagnosis of TPE was evaluated using receiver operating characteristic (ROC) curve analysis. The results of the 11 immunological methods evaluated showed that the anti-PPD IgG2 method was able to reach the highest specificity of 95% (CI: 88.3-101.8), positive predictive value (PPV)=75 (at 30% sensitivity); while that the overall sensitivity of methods was between 95% and 30%, of these, two methods reached higher sensitivities; increased levels of pleural IFN-g, with a sensitivity of 95% (CI: 85.5-104.5) with the highest negative predictive value (NPV)=97, (at 82.5% specificity), followed by decreased levels of serum IL-12p40 with a sensitivity of 95% (CI: 85.5-104.5), NPV=95.2 (at 50% specificity). In contrast, microbiological methods showed that smear had a sensitivity of only 20%, while smear plus ...

Recientemente existe un gran interés hacia un mejor y más rápido diagnóstico de tuberculosis (TB), especialmente de tuberculosis pleural, el cual es difícil. Al presente las principales herramientas diagnósticas son la baciloscopia y el cultivo de líquido pleural; desafortunadamente, las sensibilidades de estos métodos son bajas, por lo que el desarrollo de nuevas herramientas diagnósticas es necesario. El objetivo del presente estudio consistió en encontrar un algoritmo que permita la rápida identificación de la mayoría de los pacientes con TB pleural que ingresan en el Hospital Vargas de Caracas a un buen costo-beneficio. Para esto se evaluaron los niveles de las citocinas Interferón-gamma (IFN-g) y la Interleucina 12p40 (IL-12p40) en líquido pleural y suero, así como la reactividad de anticuerpos contra antígenos de Mycobacterium tuberculosis. Se estudiaron 60 individuos con derrame pleural; 20 individuos con líquido pleural tuberculoso (LPT) conformaron el grupo de pacientes y 40 individuos con líquido pleural no tuberculoso (LPNT) el grupo de controles. La técnica de inmunoensayo de ELISA fue utilizada para medir los niveles de IFN-g y IL-12p40; así como las reactividades de los diversos isotipos y subclases de inmunoglobulina G (IgG) frente a antígenos del bacilo. La utilidad de los métodos fue evaluada utilizando el análisis de las curvas ROC (receiver operating characteristic). Los resultados de los 11 métodos inmunológicos evaluados mostraron que el método IgG2 anti-PPD alcanzó la mayor especificidad de 95%, (CI: 88,3-101,8) con un valor predictivo positivo (VPP) de 75. La sensibilidad de los métodos estuvo entre 30% y 95%; dos métodos alcanzaron altas sensibilidades: los altos niveles de IFN-g en líquido pleural, con sensibilidad de 95% (CI: 85,5-104,5), con un valor predictivo negativo (VPN) de 97, seguido de los bajos niveles de IL-12p40 en suero, con una sensibilidad de 95% (CI: 85,5-104,5) con un VPN de 95,2. En contraste, ...

Susceptibilidad de M. tuberculosis a drogas antituberculosas, determinada por dos técnicas, en el estado Sucre, Venezuela / usceptibility of M. tuberculosis to antituberculosis drugs as determined by two methods, in Sucre state, Venezuela

El objetivo de este trabajo fue evaluar la resistencia a isoniacida (INH), rifampicina (RIF), estreptomicina (STR) y etambutol (EMB) de 59 cepas de Mycobacterium tuberculosis, aisladas en el período agosto 2005-diciembre 2006, en el estado Sucre, Venezuela, empleando el método de proporciones de Canetti y de nitrato reductasa. Se encontró 6,3% de resistencia primaria y 14,3% de adquirida. Una cepa fue considerada MDR, al presentar resistencia a RIF e INH. Se comparó la prueba de nitrato reductasa con el método de las proporciones, encontrándose 100% de concordancia entre los resultados de los dos métodos para INH, RIF y EMB, y 95,65% para STR. Además, la prueba nitrato reductasa produjo resultados en 10 a 14 días, comparado con 42 días para el método de proporciones, por lo que la primera se postula como una alternativa muy valiosa para acortar el tiempo de respuesta en la valoración de la susceptibilidad de M. tuberculosis. La secuencia del gen rpoB en la cepa resistente a RIF demostró la presencia de una mutación no descrita anteriormente en la región hipervariable de 81 pares de bases, donde se ha reportado el mayor número de mutaciones de cepas resistentes a RIF. Esta mutación produjo un cambio en el codón 456 de TCG > CAG. Al comparar nuestros resultados con los hallados en el último estudio de prevalencia de resistencia realizado en el estado, se demuestra una disminución en la circulación de cepas resistentes en la zona de estudio.

The objective of this study was to evaluate the resistance to isoniazid (INH), rifampicin (RIF), streptomycin (STR) and ethambutol (EMB), with the Canetti’s proportions method (PM) and the nitrate reductase assay (NRA) of 59 clinical strains of Mycobacterium tuberculosis, isolated in the period of august 2005 to december 2006, in Sucre state, Venezuela. Primary and acquired drug resistance was 6.3% and 14.3%, respectively. Only one strain was found to be multidrug resistant (MDR). The overall agreement between the NRA and PM was 100% for INH, RIF and EMB, and 96% for STR. The time to obtain results was 10 to 14 days for the NRA, compared to 42 days for the PM. The NRA was easy to perform and therefore represents a useful tool for rapid and accurate determination of drug-resistant M. tuberculosis. The sequence of the rpoB gene of the RIF resistant strain demonstrated a never described mutation (change in the codon 456; TCG > CAG) in the hypervariable region of 81 base pairs where most of the mutations of the RIF resistant strains have been reported. Comparison of our results with those of the last resistance prevalence study carried out in the years 1998-1999, shows a decrease in the studied area.

Resistencia a drogas antituberculosas en Caracas, Venezuela; 2001-2006 / Antituberculosis drug resistance in Caracas, Venezuela; 2001-2006

Para establecer la sensibilidad de las cepas de Mycobac-terium tuberculosis aisladas en Caracas, entre 2001 y 2006, fueron probadas utilizando el método colorimétrico para determinar las Concentraciones Inhibitorias Mínimas (CIM). De las 324 cepas, 46 (14,2%) mostraron resistencia a una o más drogas. Encontramos resistencia de alto nivel (CIM 8 µg/ml) y bajo nivel (CIM 1-4 µg/ml) a Estreptomicina en 6 (1,8%) y 25 (7,7%) de las cepas, respectivamente. Se encontró resistencia a Isoniacida de bajo nivel (MIC 0,125 - 0,5 µg/ml) en 8 (2,5%) y de alto nivel (MIC 1,0 µg/ml) en 15 (4,6%) de las cepas estudiadas. Hallamos 13 (4,0%) cepas resistentes a Rifampicina (RIF) (5 µg/ml) y 11 (3,4%) a Etambutol (10 µg/ml). De los 17 (5,2%) aislamientos resistentes a dos o más drogas, 12 (3,7%) fueron resistentes a INH y RIF (definido como multirresistencia, MDR). De las 12 cepas MDR, 11 fueron aisladas a partir de esputo y una de líquido pleural. Este estudio muestra un incremento en la prevalencia de la resistencia a las drogas antituberculosas en Caracas, especialmente las cepas MDR. Este aumento apunta hacia la necesidad de una encuesta na-cional, para evaluar el panorama real de la resistencia.

To asses drug susceptibility of Mycobacterium tuberculosis strains isolated from 2001 to 2006 in Caracas. Available strains were tested using colorimetric method to determine the Minimal Inhibitory Concentrations (MIC). Of 324 strains, 46 (14,2%) showed resistance to one or more drugs. High-resistance (8 µg/ml) and low-resistance (1-4 µg/ml) to Strep omycint was found in 6 (1,8%) and 25 (7,7%) strains, respectively. Isoniazid (INH) low-resistance (MIC 0.125 - 0.5 µg/ml) were found in 8 (2,5%) and high-resistant (MIC at 1.0 µg/ml) in 15 (4,6%), Rifampicin resistance (RMP) (5 µg/ml) in 13 (4%), and Ethambutol resistance (10 µg/ml) in 11 (3,4%) of the strains. Of the 17 (5,2%) isolates resistant to two or more drugs, 12 (3,7%) were resistant to INH and RMP (defined as multidrug resistance, MDR). Of these 12 MDR strains, 11 were isolated from sputum and one from pleu ral fluid. This study shows an increased prevalence of resistance to anti-tuberculosis drugs in Caracas, especially the prevalence of MDR strains, raises an urgent need of a proper nationwide survey to evaluate the true picture of resistance.

Ordeñando micobacterias del ganado?: impacto económico y en salud de tuberculosis bovina y paratuberculosis en Colombia / Milking mycobacteria from cattle?: health and economic impact of bovine tuberculosis and paratuberculosis in Colombia

La tuberculosis bovina y la paratuberculosis o enfermedad de Johne’s son enfermedades infecciosas en rumiantes, causadas por M. bovis y M. paratuberculosis respectivamente. La tuberculosis bovina es una enfermedad crónica de los rumiantes que guarda estrecha relación con la tuberculosis humana y provoca un deterioro progresivo del estado general de salud del animal, pérdida de peso, muy a menudo con tos y, a la larga, la muerte. La Paratuberculosis es una enfermedad infecto-contagiosa del tracto intestinal y se caracteriza por provocarenteritis granulomatosa crónica y progresiva, y diarreas sin respuesta a un tratamiento. Ambas enfermedades afectan especialmente los bovinos. Ambas bacterias son excretadas en la leche de los bovinos afectados, y por eso el consumo de leche cruda o queso fresco elaborado con leche cruda es la fuente de diseminación más importante de estas enfermedades tanto como entre los animales y al hombre. El impacto de estas enfermedades para la salud humana y la sanidad animal, la economía y el comercio es significativo y por esta razón están entre las enfermedades de declaración obligatoria a La Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE) (1).

Serotipos invasivos de Streptococcus pneumoniae en niños menores de 5 anos en Venezuela: 1999-2007 / Serotype distribution of invasive isolates of Streptococcus pneumoniae from Venezuelan children under 5 years of age between: 1999-2007

Introduccion: La enfermedad neumococica es una de las principales causas de mortalidad infantil en el mundo. Ob je - tivo: Determinar los serotipos de Streptococcus pneumoniae que producen enfermedad invasiva en ninos menores de 5 anos en Venezuela. Materiales y Metodos: Se establecieron 7 hospitales centinelas. El estudio incluyo variables demograficas y epidemiologicas. El Instituto Nacional de Higiene Rafael Rangel realizo la confirmacion y serotipificacion de las cepas. Resultados: Entre 1999-2007 fueron se - ro tipificadas 493 cepas de S. pneumoniae. Los serotipos mas frecuentes fueron el 14 (34,9%), 6B (13,8%), 5 (9,1%), 1 (6,1%) y 19A (6,1%), que correspondieron al 70% de las cepas. La cobertura global de la vacuna polisacarida conjugada heptavalente seria de 66,9% en bacteriemias, 56,6% en neumonias y 64,6% en meningitis. La va cuna decavalente tendria una cobertura teorica global de 76,9%, con valores similares en las tres entidades clinicas y la trecevalente tendria una cobertura potencial teorica de 90%. Conclu sio - nes: Esta investigacion reporta la distribucion de los serotipos invasivos de S. pneumoniae en Venezuela y permiten in ferir que la introduccion de vacunas neumococicas conjugadas en nuestra poblacion pediatrica ten drian un impacto positivo en la prevencion de la enfermedad.

Background: Pneumococcal disease is the principal cause of morbidity and mortality in children. Objective: To determi - ne the serotype distribution of invasive S. pneumoniae strains isolated from children under 5 years in Venezuela. Ma terials and Methods: 7 hospitals settled down sentries. The study included demographic variables and epidemiologists. The National Institute of Higiene gRafael Rangelh rea li - sed the confirmation and serotyping of the strains. Results: Bet ween 1999-2007 493 strains of S. pneumoniae were se - ro typing. The most frequent serotypes, with 70% of all the strains belonging to these 5 serotypes were: 14 (34,9%), 6B (13,8%), 5 (9,1%), 1 (6,1%) and 19A (6,1%). The potential co verage of the 7-valent conjugate vaccine is 66,9% for bacteriemia, 56,6% for pneumonias and 64,6% for meningitis respectively. The potential coverage of the 10-valent conjugate vaccine is (76,9%) with similar values for the three clini cal manifestations and the 13-valent has a potential coverage of 90%. Conclusions: This investigation reports the distribution of invasive S. pneumoniae serotypes in Venezuela and allow to infer that the conjugated vaccines introduction in our pediatric population could have a positive impact on the prevention of pneumococcal disease.

Detección del gen blaVIM-2 en cepas de Pseudomonas aeruginosa productoras de metalo ß-lactamasa aisladas en una unidad de cuidados intensivos en Ciudad Bolívar, Venezuela / blaVIM-2 gene detection in metallo-ß-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa strains isolated in an Intensive Care Unit in Ciudad Bolívar, Venezuela

Ten Pseudomonas aeruginosa strains with resistance to broad-spectrum cephalosporin and carbapenems were studied to determine the presence of genes that mediate the productionof metallo-p-lactamases. These strains were isolated from patients with nosocomial infection at the Intensive Care Unit of the Complejo Hospitalario "Ruiz y Paéz" of Ciudad Bolívar, Bolívar State, Venezuela, from 2003 to 2006. In all isolates a metallo-enzyme activity was detected by using the double disk synergism test. PCR amplification of genes encoding the families IMP, VIM and SPM metallo-ß-lactamases showed the presence of a blaVIM gene in all strains studied. DNA sequencing revealed that all isolates showed the presence of blaVIM-2These results suggest that it is necessary to keep these strains under epidemiologic surveillance, establish laboratory strategies for opportune detection and the imple-mentation of new policies to ensure the appropriate use of antibiotics in this institution.

Se estudiaron 10 cepas de Pseudomonas aeruginosa con resistencia a cefalosporinas y carbapenémicos con el objeto de determinar la presencia de genes que median la producción de metalo ß-lactamasas. Estas cepas se aislaron de pacientes con infección nosocomial hospitalizados en la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI) del Complejo Hospitalario "Ruiz y Paéz" de Ciudad Bolívar, estado Bolívar, Venezuela, durante el período 2003 - 2006. En todas las cepas se detectó la actividad de una metalo-enzima, mediante la prueba del sinergismo del doble disco. La amplificación por la reacción de polimerasa en cadena de los genes que codifican para las metalo ß-lactamasas de las familias IMP, VIM y SPM, y su posterior secuenciación, permitió confirmar la presencia de metalo p-lactamasas de tipo VIM-2. Estos resultados sugieren que es necesario mantener bajo vigilancia epidemiológica a estas cepas, establecer estrategias de laboratorio para su detección oportuna e implementar nuevas políticas que aseguren el uso adecuado de los antibacterianos en esta institución.

Fiebre de origen desconocido en pacientes con sida en el Hospital "José María Vargas" Caracas-Venezuela: ¿Mycobacterium avium complex (MAC) o tuberculosis diseminada / Fever of unknown origin in AIDS patients in the Hospital José María Vargas Caracas-Venezuela: ¿mycobacterium avium complex (MAC) tuberculosis disseminated

La micobacteriosis diseminada, es la infección con especies de micobacterias, diferentes a las pertenecientes al complejo de Mycobacterium tuberculosis. Es una enfermedad oportunista frecuente en pacientes con SIDA, particularmente las ocasionadas por Mycobacterium avium complex (MAC) la información de la prevalencia en personas VIH positivas en Latinoamerica son escasos. Entre junio 2005 y febrero 2006 se efectuó un estudio prospectivo para determinar dicha prevalencia en el Hospital "José María Vargas". Un total de 75 pacientes con SIDA C, en los cuales se sospechaba una infección diseminada por micobacterias, basados en la presencia de fiebre de origen desconocido por más de 2 semanas y pérdida de peso del más del 10 por ciento de la masa corporal durante un período de tres meses, ingresaron al estudio. De cada paciente se recolectaron dos muestras de sangre y una muestra de médula ósea que se procesaron para el aislamiento de microbacterias. El crecimiento de Mycobacterium tuberculosis se reportó en el 9,3 por ciento (7/75) pacientes, con un paciente co-infectado con M.kansasii. La letalidad fue de 100 por ciento en estos pacientes. La muestra de sangre diagnósticó el 100 por ciento de los casos, mientras que la médula ósea sólo 50 por ciento. Se concluye que existe un sub-diagnóstico de tuberculosis diseminada y alta mortalidad por la misma en pacientes con SIDA y fiebre de origen desconocido. Micobacteriosis parece ser infrecuente en el hospital.

Mycobacteriosis is defined as an infection with mycobacteria others than those belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex. It has been reported as avery common opportunistic infection in AIDS patients, particulary disseminated mycobacteriosis caused by the Mycobacterium avium complex (MAC). Data on the prevalence of mycobacteriosis in HIV patients in Venezuela are scarce. We conducted between June 2005 and February 2006 a prospective study to determine the prevalence of MAC infection in the Hospital "José María Vargas" in Caracas, Venezuela. A total of 75 AIDS-C patients with fever of unknown origin for more then 2 weeks and weinght loss of more than 10 % of their body mass over a period of 3 months, were suspected having a disseminated mycobacterial infection and entered in this study. From each patients, two whole blood samples and one bone marrow sample were collected and processed for isolation of mycobacteria. The growth of Mycobacterium tuberculosis was reported for 9,3 % (7/75) of the patients, with one patient co-infected with M.kansasii. The mortality was 100 % un these patients. The diagnostic yield of the blood samples was 100 % whereas the bone marrow sample detected only 50 % of the cases. We conclude that in our hospital there is a sub-diagnosis of disseminated tuberculosis with a high mortality in patients with AIDS and fever of unknown origin. MAC infectious was not detected and is probably rare in our setting.

Identificación de micobacterias no tuberculosas: comparación de métodos bioquímicos y moleculares / Identification of non-tuberculosis mycobacteria: comparison between biochemical and molecular methods

Las infecciones causadas por micobacterias no tuberculosas (MNT) o atípicas constituyen en la actualidad un grave problema de salud, especialmente en pacientes inmunocomprometidos. Estas micobacterias presentan patrones de susceptibilidad a antibióticos particulares y distintos a M. tuberculosis, por lo que la administración del tratamiento adecuado requiere de un método rápido, sencillo y sensible de identificación. La técnica de PRA (Análisis de Restricción de Productos de PCR), basada en la digestión enzimática del producto de amplificación del gen hsp65, ha mostrado ser un método adecuado de identificación de micobacterias. En el presente trabajo se comparó la técnica de PRA con el estándar de identificación de micobacterias representado por las pruebas bioquímicas en 30 aislados provenientes del Laboratorio de Tuberculosis del Instituto de Biomedicina. La técnica de PRA permitió identificar 96% de las cepas analizadas, en comparación con 92.% de cepas identificadas por las técnicas bioquímicas. Los resultados obtenidos fueron idénticos en 18 de 22 cepas, correspondiendo al 82% de los resultados. Se concluye que el PRA es un método rápido, sencillo y económico que produce resultados concordantes con las técnicas tradicionales, con un menor grado de error. Basados en estos resultados se recomienda el uso del PRA en los laboratorios clínicos como método de identificación de rutina para micobacterias.

Infections caused by atypical mycobacteria at present constitute a serious health problem, especially in immunocompromised patients. These mycobacteria present particular susceptibility patterns, different from M. tuberculosis, due to which the administration of an adequate treatment requires a fast, simple and sensitive identification method. The PRA technique (PCR Restriction), based on the enzymatic digestion of the amplification product of the hsp65 gene has shown to be an adequate method for the identification of mycobacteria. In this study we compared the PRA technique with the standard mycobacterial identification method, represented by biochemical tests, in 30 isolates from the Tuberculosis Laboratory of the Instituto de Biomedicina. The PRA technique allowed the identification of 96% of the strains analyzed, as compared with 92% of strains identified through biochemical methods. The results obtained were identical in 18 of 22 strains, corresponding to 82% of the results. It is concluded that the PRA technique is a fast, simple and economical method that produces results in concord with traditional techniques, with a lesser degree of error. Based in these results, the use of PRA as routine identification technique for mycobacteria is recommended for clinical laboratories.